蒙古发生争夺皇位内战，将近五年时间（公元1260年至1264年），蒙古已经付出沉重代价，确实损失较大。公元1264年夏季，忽必烈最终消灭阿里不哥，夺取大汗皇位。然而，蒙古国内战消耗太多军队，难以再次进攻南宋。
由此，蒙古必需休整一段时间，逐渐地恢复国力。忽必烈争夺汗位后，注重农业生产，使蒙古在以后的几年里，生产力有所提高。忽必烈休养生息，鼓励生产的做法，使蒙古国力有所较大恢复。这一段时间，对于苟且偷安的南宋朝廷，属于太平盛世的日子。
宝佑二年公元1254年 ，贾似道加同知枢密院事，临海郡开国公。宋理宗以“师臣”相称，百官都称其为”周公”。咸淳九年公元1273年，襄樊陷落，德佑元年公元1275年，贾似道率精兵十三万出师应战元军，在丁家洲今安徽铜陵东北江中大败，乘单舟逃奔扬州。群臣请求诛之，乃贬为高州团练副使，循州安置。行至漳州木棉庵，监押使臣会稽县尉郑虎臣将其所杀。
蒙军一直驻扎城外，所处的境况更加惨淡，越来越艰难困苦。蒙军长久屯兵钓鱼城之下，时值酷暑的季节，骄阳似火、热浪袭人，蒙古人原本畏惧暑天，厌恶湿气，再加上水土不服， 导致军中发生中暑、疟疠（疟疾）、霍乱等疾病的流行，情况十分严重，全然一副病态的样子。然而，一直跟随蒙哥汗出征的将士，不但战死于钓鱼城下，人数众多，而且处于酷热季节，死亡人数也不少，致使蒙军损失较大，丧失士气。
公元1259年，蒙哥率兵来到合州后，遭遇到重大失败挫折。此后，蒙与宋在合州展开激烈攻防战，相持几个月的时间，蒙古军一直未能前进半步。第二次发动灭亡南宋屡屡不顺，使蒙哥突兀忐忑不安，一时失去忍耐性，急于攻破钓鱼山城堡，可是事与愿违，难以实现。
公元1261年，忽必烈占领哈拉和林后再次发兵进攻，大败阿里布哥军于昔木土脑儿。公元1264年8月21日阿里不哥力竭投降，忽必烈把他幽禁。公元1266年，阿里不哥逝世或忽必烈毒杀。
公元1259年八月，在钓鱼城战役中今重庆市合川市钓鱼山，焦急万分的蒙哥亲自率兵攻城，被南宋军队乱箭射死另一说抱病驾崩，或者被石炮击中，当晚在营中死去。
根据不相同的传说，当年六月份，蒙哥汗患重病，似乎得了痢疫而死亡。又传说蒙哥汗身负重伤，当年七月，蒙军从钓鱼城撤退，八月，行军至金剑山温汤峡（今重庆北温泉），蒙哥汗去世。如此众说纷纭，确实无法查证。尽管如此，蒙哥却不能坚持攻城，在钓鱼山之战，命赴黄泉，却是毋庸置疑，无可争辩的事实。
此时，忽必烈亲自率北路军，长久未能攻克鄂州，一听到蒙哥死亡的消息，准备率蒙古大军北上，急切与阿里不哥争夺皇位，与此同时，南宋权臣贾似道派人与蒙议和，以保过太平日子。
贾似道公元1213年至1275年字师宪，号悦生、秋壑，宋理宗时权臣，浙江天台屯桥松溪人。端平元年公元1234年以父荫为嘉兴司仓、籍田令。嘉熙二年公元1238年登进士，为宋理宗所看重。淳佑初年，贾似道以宝章阁直学士为沿江制置副使，任江州知州，兼江南西路安抚使，再调京湖制置使，兼江陵知府。加宝文阁学士、京湖安抚制置大使。
蒙古内乱却是南宋最好机会，可是奸臣贾似道原本市井一混子，凭借外戚的身份，竟然位极人臣，时常的专横跋扈。在鄂州前线，忽必烈急于回蒙古争夺汗位，然而，贾似道私自与忽必烈签定和约，对南宋极其不利的条款。他回到临安后，编造打败忽必烈的谎言，又博得皇帝重赏。所谓南宋之灭亡，始于贾似道之手。
贾似道背着朝廷前来议和，尽管忽必烈深感意外，却正中忽必烈的下怀，作出允许南宋“求和”之事。双方签定议和协议后，忽必烈率军向北方撤退，为了争夺汗位不得而已。到了公元1260年，所有入侵蒙古军全部撤退，所发动的战争全线崩溃，灰心丧气返回。
蒙宋第二阶段战争，以蒙古大汗蒙哥的战死，三路大军无功而返告终，但贾似道私自与忽必烈议和，为以后埋下祸根，遗留南宋灭亡导火索。
蒙军大举攻击蜀后，南宋对四川采取大规模的救援行动，但增援钓鱼城的宋军遭到蒙军的阻击，始终未能到达钓鱼城下，最终均败退告终。尽管如此，被围攻达数月之久钓鱼城，仍然物资充裕，守军斗志昂扬，一派视死如归的精神，为保卫钓鱼山之战，打下坚实基础。
有一天，南宋守军将重十五公斤的鲜鱼两尾巴，以及一百多块蒸面饼抛至城外的蒙军，吸引蒙古将士眼球，并投书于蒙军，上面写道：“即使宋军再守十年，蒙军无法攻破钓鱼城。”如此的举动，刺激蒙古军的败势，令其愤怒之极，暴跐如雷。
由此，蒙古中路军士气低落，只得向北方撤退。蒙哥大汗驾崩的消息，传到蒙古高原以后，蒙古贵族扶持蒙哥大汗的弟弟，托雷第七子阿里不哥继位。
孛儿只斤?阿里不哥约公元1219年至1266年，又译阿里布哥，蒙古贵族。元睿宗拖雷第七子，元宪宗蒙哥及元世祖忽必烈之弟。蒙哥在位时，阿里不哥驻守在大蒙古国首都哈拉和林，平素反对忽必烈的汉化政策。公元1259年8月11日蒙哥去世。公元1260年5月5日，忽必烈在精兵拥戴之下，在中原开平自立为大汗；四月，阿里不哥在哈拉和林，被蒙古本土贵族推举为大蒙古国大汗。双方随后展开激烈内战，历时四年之久。
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